Yayasan Masjid Al-Jawahir ditubuhkan pada 13hb Disember 2013 dimana fokus utama mereka adalah untuk membantu merealisasikan matlamat dan tujuan untuk pembangunan prasarana Masjid dan Surau khususnya di persekitaran Masjid Al-Jawahir serta membantu golongan asnaf yang memerlukan. Yayasan juga turut menjayakan program kemasyarakatan dengan menjalankan misi bantuan bencana dan kecemasan seperti banjir, wabak dan sebagainya